بر اساس مصوبه 48 شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران مورخ 16 بهمن 1393، معاونت اداری و مالی متشکل از سه اداره کل و دو اداره مستقل است که به‌طور مختصر متولی امور اداری و مالی مرکز مدیریت در ابعاد برنامه‌ریزی و اجرا بوده و خدمات خود را به دیگر معاونت‌ها و واحدهای مرکز مدیریت، مدیریت‌های استانی و مدارس علمیه ارائه می‌نماید. نمودار سازمانی این معاونت به شرح زیر است.
شرح وظایف:
1- پیشنهاد سیاست‌های کلان، برنامه‌های بلندمدت و میان مدت امور اداری ـ مالی و پشتیبانی مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران و حوزه‌های علمیه استانی و امور خدماتی، معیشتی طلاب و دانش‌آموختگان خواهر به مراجع ذی‌ربط جهت بررسی و تصویب؛
2- سیاست‌گذاری اجرایی، برنامه‌ریزی، هماهنگ سازی، نظارت و ارزیابی امور اداری ـ مالی مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران و حوزه‌های استانی و امور خدماتی، معیشتی طلاب و دانش‌آموختگان خواهر در چارچوب سیاست‌های کلان و مصوبات شورای سیاست‌گذاری؛
3- طراحی، استقرار و به سازی نظام جامع اداری ـ مالی و پشتیبانی؛
4- طراحی، استقرار و به‌سازی نظام جامع خدماتی، معیشتی طلاب و روحانیون به مراجع ذی‌ربط جهت بررسی و تصویب؛
5- تعیین و تدوین استانداردها و شاخص‌های امور خدماتی و معیشتی و پیشنهاد به مراجع ذی‌ربط جهت تصویب؛
6- انجام کلیه امور مربوط به مدیریت منابع انسانی از قبیل جذب، به کارگیری، ارتقاء و ارائه خدمات رفاهی و حمایتی؛
7- تهیه و تنظیم صورت‌های مالی و گزارشات مالی دوره‌ای مرکز جهت ارائه به مراجع ذی‌ربط؛
8- واریز و پرداخت اعتبارات برنامه‌ها و دستگاه‌ها براساس تخصیص‌های صادره؛
9- انجام امور مالی از قبیل ممیزی، حسابداری، پرداخت‌ها و دریافت‌های مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران براساس آیین‌نامه مالی و معاملاتی؛
10-شناسایی منابع جدید مالی و پیشنهاد به شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران؛
11-جذب مشارکت‌های مردمی، منابع و اعتبارات محلی در چارچوب سیاست‌های کلان مصوب شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران؛
12-ترویج فرهنگ وقف و ارائه گزارش موقوفات شناسایی شده به شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران؛
13-ایجاد سازوکار ثبت و ضبط کلیه منابع درآمدی مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران، مؤسسات و واحدهای حوزوی تابعه و ارائه گزارش به مراجع ذی‌ربط؛
14-جمع‌داری، کنترل و نگهداری اموال، دارایی‌ها و اوراق بهادار براساس آیین‌نامه‌های مصوب؛
15-انجام امور خدماتی ـ عمومی مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران از قبیل کارپردازی، تدارکات، انبار، تأسیسات، نقلیه و ...؛
16-حفظ و نگهداری املاک، اموال و مستغلات حوزه‌های علمیه خواهران؛
17-انجام کلیه امور حقوقی حوزه‌های علمیه خواهران؛
18-همکای کامل با ذی‌حساب و حسابرسان؛
19-حضور و مشارکت فعال به عنوان عضو در شورای سازماندهی و پشتیبانی؛
20-حمایت، هدایت و نظارت بر امور اداری ـ مالی، پشتیبانی، خدماتی و معیشتی واحدهای تابعه در چارچوب مصوبات و ضوابط؛
21-برنامه‌ریزی برای بهره‌گیری از فناوری‌های نوین در امور اداری ـ مالی، پشتیبانی، خدماتی، معیشتی و حمایت از توسعه آن؛
22-تهیه، تدوین، اصلاح و تکمیل قوانین، مقررات، آیین نامه‌ها و دستورالعمل‌های اداری ـ مالی، پشتیبانی، خدماتی نو معیشتی حوزه‌های علمیه خواهران و ارائه به مراجع ذی‌ربط جهت بررسی و تصویب؛
23-تهیه و تنظیم برنامه و بودجه سالانه اداری ـ مالی، خدماتی و معیشتی حوزه‌های علمیه خواهران و پیشنهاد به مرکز برنامه‌ریزی و نظارت؛
24-تهیه و تنظیم گزارش عملکرد به صورت دوره‌ای و موردی و ارائه به مرکز برنامه‌ریزی و نظارت؛
25-انجام سایر وظایف محوله وکارشناسی موارد ارجاعی از سوی مدیر مرکز.